Nativa di Berlino Est la sua carriera è stata caratterizzata da un talento precoce che l' ha vista partecipare a soli 14 anni alla sua prima Olimpiade (Barcellona 1992). Grazie alla notorietà acquisita e al suo magnifico fascino si è anche dedicata ad attività diverse dalle competizioni: in particolare nel campo della pubblicità e dell'abbigliamento.

A Barcellona, giovanissima, Franziska vince 4 medaglie: è argento nei 200m sl e nella 4x100mista tedesca e bronzo nei 100m sl e nella 4x100m sl. Nello stesso anno è prima nei 50m agli Europei in vasca corta.

Nel corso della rassegna continentale di Sheffield nel 1993 la Van Almsick è da applausi. Conquista ben 6 medaglie d'oro (50m sl, 100m sl, 200m sl e nelle tre staffette tedesche) più un bronzo nei 100m farfalla.

L'anno dopo, al campionati iridati di Roma, entra nella storia dominando i 200m sl con il nuovo record del mondo. E' seconda poi nella 4x200m e terza nella 4x100m sl e nei 100m sl.

Nel 1995 altra pioggia di medaglie ai campionati europei di Vienna. Franziska trionfa nei 100m sl, nei 200m sl, nei 400m sl e nelle tre staffette tedesche, più due secondi posti nei 50m sl e nei 100m farfalla.

Il 1996 è l'anno del grande appuntamento olimpico. Ad Atlanta la campionessa tedesca arriva da favorita ma è solo seconda nella sua gara, i 200m sl. A lenire parzialmente la delusione arrivano un argento nella 4x200m sl e un bronzo nella 4x100m sl.

Nonostante la beffa olimpica la Van Almsick viene sempre più richiesta dai media, anche al di fuori delle piscine. Diventa un personaggio famosissimo e i risultati iniziano ad andare ad alti e bassi,anche a causa di molti infortuni.

Nel 1998, ai Mondiali di Perth, non vince medaglie individuali. E' argento nella 4x100m sl e oro nella 4x200m sl.

Sempre in Australia, alle Olimpiadi di Sidney nel 2000, la Van Almisck si presenta in condizioni precarie, riuscendo ad ottenere solo un terzo posto con la staffetta tedesca 4x200m sl.

Il riscatto arriva nel 2002, ai campionati europei nella sua Berlino. Vince ben 5 ori stupendo il mondo intero. E' prima nei 100m sl, nei 200m sl (con il nuovo record del mondo di 1'56''64), nella 4x100m sl (con il nuovo limite mondiale di 3'36''00) nella 4x200m sl e nella 4x100m misti. Nella stessa stagione viene nominata a furor di popolo "sportiva tedesca dell'anno".

La sua carriera si conclude alle Olimpiadi di Atene nel 2004. A livello individuale non combina granchè, ma fa ancora in tempo a vincere due bronzi con le staffette 4x200m sl e 4x100m misti.